Ubicato all’interno del parco di villa Lanolina in un palazzo, il Museo accoglie opere ordinate secondo un criterio topografico e cronologico, risalenti ad un periodo che va dalla preistoria all’età greca. Il primo nucleo del suo patrimonio, riguarda la raccolta arcivescovile della fine del settecento, a cui si aggiunsero beni frutto di donazioni, oltre ai materiali rinvenuti nel corso delle campagne di scavo nel territorio, volte al recupero degli antichi siti di Akrai, Tapsos, Megara Hyblaea, Pantalica e parecchi altri. Degno di particolare attenzione, il prestigioso Medagliere che illustra l’eccezionale produzione di monete delle colonie greche di Sicilia.
La struttura è composta da tre settori disposti intorno ad un nucleo centrale e si sviluppa in tre elevazioni: il seminterrato destinato ad Auditorium, dove è possibile assistere alla proiezione di documentari, e i due piani superiori destinati agli spazi espositivi. L’esposizione museale è articolata in quattro settori.
Da segnalare, oltre alla Venere Anadiomene e la Venere Landolina, la serie di ritratti di età romana e la ricca esposizione delle urne cinerarie delle necropoli urbane di III-II sec. a.C. , il sarcofago di Adelphia, e una ricca collezione di antiche monete del gabinetto numismatico.